Un equipo de investigadores del Cima Universidad de Navarra ha dado a conocer los resultados de una competición internacional iniciada hace diez años para mejorar el estudio del movimiento celular.

El Cell Tracking Challenge, nombre de la competición, confirma que los softwares basados en inteligencia artificial plantean un cambio de paradigma en la investigación de la biología celular normal y de procesos patológicos, como el cáncer o la regeneración de tejidos.

El Cima ha coordinado durante diez años esta competición internacional de softwares avanzados para el estudio celular, en la que han participado 50 grupos de investigación de España, Alemania, República Checa, Estados Unidos y Australia. Sus resultados se han publicado en el último número de la revista científica Nature Methods.

Seguimiento celular

Las células se mueven para realizar sus funciones, por ejemplo, durante el desarrollo embrionario. Es muy importante saber cómo se desplazan, qué velocidad tienen, qué trayectorias realizan… desde los estadios iniciales hasta el desarrollo completo del embrión o saber qué células darán lugar a qué órganos en función de su desplazamiento, también, cómo las células se mueven en procesos patológicos, durante el desarrollo del cáncer y de las metástasis, o en procesos de curación de heridas. 

“Tradicionalmente este estudio se realizaba de forma manual, lo cual es tremendamente laborioso y en ocasiones directamente imposible, por lo que hace diez años pusimos en marcha un challenge para fomentar el desarrollo de programas de ordenador o softwares que fueran capaces de realizar el seguimiento celular de manera automática. Durante este tiempo hemos creado una base de datos de vídeos muy variada, y hemos establecido medidas objetivas y métricas comunes para evaluar la precisión de los distintos programas recibidos”, explica el Dr. Carlos Ortiz de Solórzano, director del Programa de Ingeniería Biomédica del Cima Universidad de Navarra y coordinador de la competición internacional.

Inteligencia artificial

La competición ha evaluado 80 programas realizados por 50 grupos internacionales procedentes de España, Alemania, República Checa, Estados Unidos y Australia. Los participantes han sido capaces de detectar y realizar ‘tracking’ de células.

“Entre los datos que los participantes han analizado de modo automático destacan vídeos de grandes dimensiones (más de 300 GB), como el que contiene el desarrollo embrionario del escarabajo rojo de la harina (Tribolium castaneum) o de otros modelos embrionarios similares muy usados en investigación biomédica. Estos vídeos, por su tamaño y complejidad, ponen a prueba la capacidad de los programadores para manipular y analizar grandes cantidades de datos”, señala Ortiz de Solórzano.

Entre otras, una de las conclusiones más interesantes que han obtenido ha sido confirmar que el reconocimiento y el seguimiento celular, mediante métodos basados en inteligencia artificial, ofrecen mejores resultados que las técnicas convencionales.

“Debido a la emergencia de estos métodos, que requieren muchos datos para su entrenamiento, hemos puesto a disposición de la comunidad científica un «Silver Ground Truth», es decir, un conjunto amplísimo de datos anotados automáticamente, a partir de la combinación de las mejores soluciones enviadas por los participantes”, amplía el coordinador del proyecto. 

Tras los resultados obtenidos, el challenge va a continuar recopilando nuevos programas para estudiar la capacidad de detectar correctamente las divisiones celulares y de reconstruir trayectorias completas de las células. 

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